Все события происходят спустя некоторое время после действий, которые описал Льюис Кэролл в своих известных книгах «Алиса в Стране Чудес» и «Алиса в Зазеркалье». Все происходящее в книге показано не только со сказочной стороны, но и порой с мрачной. Алиса повзрослела и позабыла обо всех приключениях, которые произошли с ней ранее, когда она очутилась в Зазеркалье и Стране Чудес.
Алисе исполнилось 19 лет, она молода и красива, радуется жизни и живет в свое удовольствие. Ее родители договариваются выдать дочь замуж за богатого, но глупого сына лорда и леди Эскот. Алиса приходит на праздник, который на самом деле должен стать помолвкой. Все идет по плану родителей, Хемиш предлагает девушке руку и сердце, но Алиса, не ответив на предложение молодого человека, убегает. Алиса преследует кролика, которого увидела, прогуливаясь по лужайке. На белом кролике красивый камзол и он постоянно следит за временем по карманным часам, словно боится куда-то опоздать.
Алиса бежит за кроликом через луг и замечает, как он залазит в кроличью нору. Вдруг и сама Алиса неожиданно падает в нору. Девушка летит по сказочному туннелю и оказывается в круглом зале с большим числом дверей. Она замечает бутылочку, на которой красуется надпись «Выпей меня», девушка делает глоток и мгновенно уменьшается в размерах, после этого, откусив небольшой кусочек пирожного, на котором читается надпись «Съешь меня», вдруг вырастает.
Справившись с рядом трудностей, наша героиня попадает в одну из дверей и оказывается в чудесном и полном фантастики мире, который местные обитатели прозвали «Подземной страной».
В Стране Чудес Алису ждут встречи со старыми, но изменившимися друзьями. Здесь девушка встретит глумливого Чеширского Кота (Стивен Фрай), сумасшедшего Шляпника (Джонни Депп), хвастливую Соню, странную гусеницу по имени Абессалом, которая накурилась кальяном, жуткую Белую Королеву и ее злобную сестру, суровую правительницу Страны Чудес, Королеву Червей (Хелена Бонем Картер).
Алису ждет множество новых приключений и испытаний, это и смертельная битва с Бормоглотом и любовь сумасшедшего Шляпника и многое другое.