Действия фильма «Алиса в стране чудес» происходят спустя несколько лет после событий первой части. Героиня сказки, девочка Алиса, уже выросла и стала взрослой девушкой. Ей 19. В её жизни нет ничего особенного и выдающегося, и она уже думать не думает о чудесах, происходивших с ней в детстве.
Все меняется чрезвычайно быстро. На вечеринке, устроенной в ее честь, Хэмиш, сын лорда и леди Экскота, делает юной красавице предложение руки и сердца. Но Алиса против, несмотря на то, что на этом настаивают её родители, ведь юный богач глуп и противен. Не дав ответа она бежит прочь, следует за кроликом, замеченным ею на лужайке.
На первый взгляд животное ничем особо не выделяется. Но он то и дело бросает взгляд на карманные часы, да к тому же одет в небольшой, ворсинка к ворсинке подобранный, камзольчик. Алиса бежит вслед за ним по лужайке, но кролик исчезает в глубокой норе.
Сама того не ожидая, девочка сваливается туда и летит вниз по знакомому сказочному туннелю. Приземлившись в круглом зале с огромным количеством дверей, и выпив странную жидкость из бутылки с надписью «Выпей Меня», девочка уменьшается до размера карлика. Затем, откусив кусочек от пирожного с надписью «Съешь Меня», Алиса снова вырастает.
И вот, оставив позади все испытания, Алиса попадает в чудесную страну, именуемую Подземным Государством. Здесь ее ожидает череда новых знакомств: хвастливая и высокомерная девочка Соня, полоумный Шляпник, Чеширский Кот, которому не изменяет чувство юмора, гусеница по имени Абессалом, ведущая не совсем здоровый образ жизни, а точнее говоря, любящая курить, нагоняющая страх Белая Королева и ее мерзкая сестра, Королева Червей, а также сварливая правительница этого государства. Все эти персонажи производят на Алису неизгладимое впечатление.
Но мешает девочке тот факт, что она совсем ничего не помнит о тех приключениях, что происходили с ней здесь в детстве. Ей приходится снова постигать все чудеса волшебного мира. В этом ей, конечно же помогут новые друзья, ведь в конце Алису ждет сражение с Бармаглотом!